南京中醫(yī)藥大學繼續(xù)教育學院、高等職業(yè)技術學院是學校下轄的辦學實體，又是學校繼續(xù)教育和高等職業(yè)教育的職能部門，兩院全署辦公。學院坐落在漢中門校區(qū)（南京市漢中路282號85信箱，郵編：210029）。我院現(xiàn)有教職工12人，現(xiàn)任院長兼支部書記郝達富副教授。

我校繼續(xù)教育始于20世紀50年代，即我校前身的江蘇省中醫(yī)進修學校，至今已有半個世紀的歷史。經(jīng)過幾代人的辛勤耕耘，尤其是改革開放以來，在學校黨委和行政的領導下，各項工作成績斐然。目前，辦學形式已涵蓋夜大學、函授、成人脫產(chǎn)三類成人高等學歷教育，承擔師資進修以及受有關主管部門委托舉辦各種專業(yè)證書教學班、進修班、培訓班、自考班等非學歷教育任務。分別在江蘇省中醫(yī)學校、如皋、海安、連云港、無錫、浙江金華、河南鄭州等地設立了教學點?，F(xiàn)有6個?？茖I(yè)，6個本科專業(yè)，在校成人學歷教育學生3500余人。

我校于2002年12月成立了高等職業(yè)技術學院，實行與繼續(xù)教育學院兩塊牌子一套班子的管理體制。設中藥學、護理學（中西醫(yī)結合）、藥學三個本科專業(yè)，2003年起面向全省招生，招生對象為醫(yī)、藥、護理、化工類中專應屆畢業(yè)生（亦稱“對口單招”）?？荚囦浫∞k法根據(jù)國家招生計劃，中藥、護理專業(yè)按省定條件采取推薦加綜合考試、藥學專業(yè)由省進行統(tǒng)考，學校擇優(yōu)錄取、省招辦審批的辦法。學生在校期間按照規(guī)定享受普教學生同等待遇，凡修完規(guī)定課程，成績合格，符合學士學位條例者授予學士學位?，F(xiàn)學生已劃入各有關學院管理。